Una vez finalizado el plan de vigilancia durante la construcción de la infraestructura se deben continuar estableciendo una serie de controles ambientales con el objetivo de comprobar el grado de efectividad de las medidas correctoras aplicadas durante la construcción, y que solo pueden ser evaluadas cuando la infraestructura está en funcionamiento (impacto acústico, efectividad de los pasos de fauna) o que requieren un tiempo de implantación superior a la duración de las obras (plantaciones y siembras).

Si se observan desviaciones o impactos no previstos se deben articular medidas complementarias para mitigarlos y evitar efectos indeseados sobre el medio ambiente.

En muchos casos existen también labores de mantenimiento de las medidas implementadas, que son duraderas en el tiempo, como riegos, reposición de marras, control de la vegetación en la franja de seguridad, etc., y que pueden prolongarse durante toda la vida útil del proyecto.

Se deben controlar parámetros como la calidad de las aguas que puedan ser afectadas por el uso de la infraestructura, especial mención tiene el caso de los oleoductos y de los puertos. Para cumplir con estos objetivos se establecen análisis periódicos que permitan detectar cualquier problema y corregirlo con la mayor celeridad.

La preservación de la fauna, debido a la incidencia de las infraestructuras lineales sobre la permeabilidad territorial, exige también controles y estudios posteriores.  Se debe verificar el correcto funcionamiento de los pasos de fauna, la incidencia por atropello o electrocución en la mortandad de especies y comprobar que los resultados obtenidos no se desvían de las estimaciones iniciales. Este tipo de controles suelen durar entre tres y cinco años desde que el proyecto está en funcionamiento.

Las siembras y plantaciones realizadas deben también ser revisadas periódicamente para asegurar que las especies elegidas se aclimatan y desarrollan correctamente. Temperaturas extremas, períodos anormales de sequía o plagas fitosanitarias pueden mermar considerablemente la eficacia de estas medidas y obligar a volver a realizarlas parcial o totalmente. Es normal prolongar los controles durante los dos años posteriores a la puesta en funcionamiento de la infraestructura.

Las mediciones en funcionamiento de los niveles sonoros soportados en los núcleos habitados o en espacios naturales de especial protección, sirven para verificar que las condiciones supuestas en los estudios de simulación acústica son las que se dan en realidad, y que las medidas correctoras (pantallas acústicas, barreras, etc.) cumplen adecuadamente  su función.

Otro aspecto reseñable es que las medidas de protección contra incendios accidentales funcionan correctamente. Especial mención tiene la retirada de vegetación en la franja de seguridad, que debe realizarse periódicamente y durante toda la vida útil de la infraestructura.